1) Лично Коперника не преследовали, поскольку он вёл себя крайне осторожно и не опубликовал свой основной труд уже находясь при смерти. Преследовали его последователей.

2) Вот этим и отличается научное мышление от религиозного: научное не ставит перед собой искусственные ограничения. Все физики верили в существование флогистона, но когда теория была убедительно опровергнута, от неё отказались. Кстати, я встречал в инете немало православных реально высокодуховных лиц, которые НЕ считают Николая-2 святым - или же считают его святым лишь по факту канонизации. С этим спорить трудно: раз внесён в святцы - значит, святой. "Да я вижу, что Маргарет Тэтчер, но написано же "Индира Ганди!"

В РПЦ и Ушакова канонизировали, теперь поговаривают о Суворове. Я бы ничуть не удивился. Кого надо - того и высвятят. И анафематствованного Дмитрия Донского высвятили даже без какого-либо формального снятия анафемы. Для российской святости никаких преград нет.

3) Дело не в начальстве - дело в самоцензуре, в сознательном (или бессознательном) отказе от свободы мысли. Вот до сих пор я позволю себе сомневаться, а от сих - буду верить, несмотря ни на что.